Основой для создания музея послужили «Музей живой природы» доцента А. Л. Бродского, коллекция анатомических и зоологических препаратов. Весной 1921 г. под музей было выделено два зала в университетском здании на Миусской площади. Официальное открытие состоялось на торжественном собрании студентов и преподавателей 7 мая 1922 года. Тогда же он получил имя Климента Аркадьевича Тимирязева, которого Б. М. Завадовский считал одним из своих учителей по университету Шанявского.