По сложившейся традиции богослужения в крестильной церкви совершаются дважды в году: накануне дня памяти святых Иоакима и Анны и в сам праздник, 9/22 сентября. В остальные дни храм используется только для Крещения. Храм специально оборудован для совершения Таинства. В западной части устроен баптистерий с ширмой для переодевания, поставлены пеленальные столики.