Основан в 1716 г. в Санкт-Петербурге как минеральный кабинет Кунсткамеры. С 1725 года находится в ведении Российской академии наук. Вместе с академией наук музей переехал в Москву в 1934 году и позже был расположен в одном из зданий усадьбы «Нескучный сад» - построенном в начале XIX века графом Орловым-Чесменским как манеж, позднее превращенном в зал приёмов при Александрийском дворце.