В его задачи входит проведение научно-исследовательской, собирательской, научно-фондовой и экскурсионной работы в целях сохранения и популяризации историко-культурного и научного наследия старейшего медицинского вуза России. Музей является членом Европейской ассоциации музеев истории медицинской науки и входит в состав Научно-методического координационного совета университетских музеев Евразийской ассоциации университетов. Музей зарегистрирован во Всероссийском реестре музеев. Посещение Музея истории медицины Первого МГМУ имени Сеченова и его филиалов осуществляется по предварительной записи.