В годы Венецианской Республики на острове Сен-Микеле находился монастырь, а умерших хоронили где придется, как правило возле церквей в главной части Венеции. Но в 1807 году был издан указ, обязывающий хоронить только на острове Сен-Микеле. Эта мера была принята, чтоб снизить антисанитарию в Венеции.

Кладбище Сен-Микеле окружено каменной стеной, вход на него возможен только через главный портал и только по специальному разрешению. Тела умерших на кладбище Венеции доставляют на специальных гондолах-катафалках. Остров-кладбище по сравнению с Венецией распланирован очень рационально.