Основные задачи музея:

— Показать глубокие традиции морской культуры России, прежде всего допетровские народные корни мореходства и своеобразие традиционной морской практики.

— Подчеркнуть роль русских мореходов в освоении морских путей и берегов Арктики.

— Рассмотреть морскую историю Соловецкого монастыря в XV — начале XX вв., его воздействие на развитие северного мореходства. Рассказать о морском хозяйстве обители.

— Обозначить роль православного мировоззрения в истории освоения морских просторов Севера.