Первое упоминание селения Бескудникова, давшего название району на севере столицы, относится к 1584 году. В то время деревенька принадлежала вдове прибалтийского рыцаря Индрика. Во время Ливонской войны, которая началась в 1558 году, Индрик, скорее всего, попал в плен к Ивану Грозному, а после окончательного разгрома Ливонского ордена он, очевидно, перешел на русскую службу и получил в награду подмосковное поместье.
Селение много раз переходило от одного владельца к другому. В 1627 году деревня находилась в поместье за князем Львом Волконским и московским дворянином Лукьяном Мясным. На половине каждого значится двор помещика, где живут «деловые» люди.
В 1670-х годах Бескудниково уже значится вотчиной Петра Ивановича Савина. Из переписной книги 1709 года становится известно, что под конец жизни Петр Савин отдал имение царевне Наталье Алексеевне, любимой сестре Петра I.
Наталья Алексеевна была всего на год с небольшим младше Петра I. В детстве у них были общие слуги и учителя, и царевна разделяла многие забавы и увлечения брата. В истории русской культуры она известна своей страстью к театру - в ее покоях ставили пьесы, нередко ею же и написанные. Важную роль играла она в отношениях Петра I с его сыном – царевичем Алексеем. После того как царь заточил свою первую жену в суздальском Покровском монастыре, Наталья Алексеевна взяла к себе царевича. Скончалась она летом 1717 года, и Бескудниково перешло в состав дворцовой Тайной волости.
Для крестьян этот переход не принес ничего нового. Сельцо словно застыло в своем развитии. В 1793 году его мужское население, как и в начале века, все также составляло 27 человек, и только к 1811 года возросло до 42. Отмена крепостного права в 1861 году так же мало что дала бескудниковским крестьянам. Согласно составленной двумя годами позже уставной грамоте, почти треть земли, включая лесные угодья, оставалась в распоряжении дворцовой конторы. Крестьяне получили те же десятины, которыми пользовались до освобождения и, вдобавок, должны были за каждый надел платить выкупные платежи. Все это привело к тому, что в первые годы после реформы многие из них начинают искать заработки на стороне. У крестьян, что занимались промыслом родной деревне, широко развиты были вязание, слесарное и столярное дело. Многие держали коров и вели торговлю свежим молоком в столице.
В это время Москва переживает строительный бум. Потребность в стройматериалах вызвала появления во многих местах кирпичных заводов. В 1874 году московский купец второй гильдии А.Т. Денисов, на арендованной у бескудниковских крестьян, земле основал кирпичный завод. В год он производил до 140 тысяч штук кирпичей. Производственный сезон начинался в мае и заканчивался в ноябре. Рабочих-сезонников обычно набирали на Хитровском рынке в Москве. Рабочий день длился с четырех утра до восьми вечера. Спали рабочие в сараях, шалашах и землянках, а в холодную погоду - в артельных кухнях или около обжигательных печей.
Местные крестьяне здесь не работали, предпочитая получать просто арендную плату. К тому же они открыли питейный дом рядом с заводом, с которого получали приличный доход.
При прокладке Савеловского направления железной дороги в двух верстах от деревни была устроена станция Бескудниково, которая связывалась особой веткой со станцией Лосиноостровской на Ярославском направлении. Около станции возник еще один кирпичный завод.
Годы революции и Гражданской войны заметно повлияли на жизнь деревни. Застой в промышленности ударил и по местным промыслам. Многие занялись извозом, крестьяне вернулись к земле.
С середины 1920-х годов бескудниковские земли все более и более приобретают промышленный характер. К 1926 году возобновил свою деятельность кирпичный завод, именовавшийся тогда «заводом № 1 Московского управления промышленности и торговли». В 1926 году при станции Бескудниково по правую сторону от железной дороги строится новый кирпичный завод №2, там же вступил в строй кожевенный завод Моссовнархоза. Местная железнодорожная станция вскоре стала одной из самых крупных сортировочных станций Московского узла.
В результате этого в начале 1930-х годов складывается рабочий поселок Бескудниково, население которого перед Великой Отечественной войной составило более 8 тысяч человек, а к 1959 году возросло до 16 тысяч человек. В 1960 году он вошел в черту столицы, а в 1964 году здесь началось строительство нового жилого микрорайона.
В современных административных границах Бескудниковский район, как другие районы города, был образован после избрания мэра Москвы в 1991 году, когда произошла реорганизация структуры органов исполнительной власти и территория города была поделена на 10 административных округов, а те, в свою очередь - на муниципальные районы.