В 1627 г. на берегу р. Пахры, где в наше время находится Лемешево, стояла д. Альмешово, в которой было 4 двора. Она входила вместе с Дубровицами, Ериным и Александровым в большое владение боярского рода Морозовых.

После смерти в 1714 г. князя Бориса Алексеевича Голицына Лемешево перешло во владение вдовы его старшего сына Алексея, Анны Ивановны, урождённой Сукиной, и их старшего сына Сергея.
В 16 лет князь Сергей Алексеевич Голицын (1695-1758) женился на княжне Анастасии Васильевне Толочановой.
Они жили вместе 45 лет, у них родились двое сыновей и четыре дочери. Князь Сергей Алексеевич в 1735 г. был назначен членом Монетной канцелярии в Москве, в 1743 г. получил чин тайного советника, в 1753 г. стал московским губернатором.
В том же году он построил вместо деревянного кладбищенского храма ныне существующий каменный Илии Пророка.
В начале XX в. храм был расширен в южную и северную стороны пристройкой приделов иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радость» и Преподобного Сергия Радонежского.
В середине XIX в. тёплый (отапливаемый) храм с. Лемешево считался зимним и кладбищенским храмом и для с. Дубровиц.
Зимой в Ильинском храме служили постоянно, летом только при погребении и поминовении усопших.
В 1850 г. в обоих храмах служил священник Иоанн Георгиевич Булкин.
С 1933 г. в Ильинском храме с. Лемешево служил священник Александр Агафонников (1881-1937, будущий священномученик). В Лемешево о. Александр переехал с помощью своего брата, священника Николая Агафонникова, проживавшего в с. Ерино Подольского района Московской области. Священномученик Александр родился в семье диакона Троицкой церкви с. Медяны Вятской губернии, в 1903 г., после окончания 5-го класса Вятской Духовной семинарии, работал учителем, в 1904 г. рукоположен в сан диакона, а в 1906 г. во иерея. Он служил в различных храмах Вятской и Орловской губерний, с 1918 г. в Вятке, в 1919 г. переехал в г. Котельнич, где служил в Троицком соборе до своего ареста 6 января 1927 г. Его обвиняли в том, что он, «сгруппировав вокруг себя реакционный элемент из духовенства г. Котельнич и монашек, повел усиленную работу по укреплению в пределах уезда старого православия для борьбы с группой обновленческого духовенства и повел работу по организации в г. Котельнич специальной епископской кафедры, что ему и удалось».
В конце 1925 г. в Котельнич приехал епископ Флавиан, который вскоре за антисоветскую деятельность был выслан в ссылку. Перед арестом епископ дал Агафонникову строгий наказ держаться за «старое», быть стойким и не бояться угроз со стороны власти, поручил нелегально исполнять должность наместника управляющего епархией. Агафонников в церкви устраивал молебны, посвященные страдальцам за православную веру. После приезда митрополита Кирилла (Смирнова) способствовал агитации среди верующего населения о его прибытии и паломничества к нему публики, пытался мобилизовать мнение верующей публики в пользу лиц, осуждённых соввластью за «контрреволюционную деятельность». За пастырской деятельностью о. Александра внимательно следили. На его квартире был арестован в 1926 г. митрополит Кирилл, а в 1927 г. и он сам.
28 марта 1927 г. о. Александра приговорили к высылке в Сибирь сроком на три года. По отбытии срока наказания он был лишён права проживать в Московской, Ленинградской, Харьковской, Киевской, Одесской областях, в Дагестане и Татарстане, с прикреплением к определённому месту жительства сроком на три года. Три года после высылки он находился под гласным надзором в Кирове.
В 1933 г. о. Александр переехал в Лемешево. 14 сентября 1937 г. его здесь арестовали и заключили в серпуховскую тюрьму. Он был обвинён «в проведении активной контрреволюционной деятельности против существующего строя».
В предъявленном обвинении отец Александр виновным себя не признал. 10 октября 1937 г. он был приговорён к высшей мере наказания, 14 октября расстрелян.
В 1957 г. реабилитирован.
Память священномученика Александра совершается в день его смерти 1 (14) октября, а также в день празднования Собора новомучеников и исповедников Российских 25 января (7 февраля), а если этот день не совпадает с воскресным, то в ближайшее следующее воскресенье.
Храм в Лемешево был закрыт, и в нём устроен военный склад.
В 1970-х гг. здание было заброшено и разрушалось.
В 1995 г. руины переданы верующим, храм восстановлен.
Адрес
деревня Лемешово, 30, городской округ Подольск, Московская область