Большая часть береговой линии представляет собой сплавину из отмерших тростников и других растений. Прибрежное болото постепенно увеличивается за счёт зарастания озера. Слой глинистых отложений и органического ила (сапропель) на дне водоёма достигает 9 м. Первые человеческие поселения вблизи Тростенского озера возникли ещё в каменном веке, о чём свидетельствуют найденные в его окрестностях неолитические стоянки. В раннем средневековье по озеру и рекам Озерне и Тростне проходил водный торговый путь. В более поздние времена по озеру и названным рекам осуществлялся сплав леса в Москву.