Упоминания топонима Братцево в Горетове стане (бассейне Сходни) относятся в XVI веку. В 1569—1570 г. Анна, жена писца, бывшего воеводы Даниила Григорьевича Фомина (Квашнина), передала по приказу мужа его вотчину (деревни Антоново и Братцево в Горетове стане Московского уезда) во владения Троице-Сергиева монастыря. По неизвестной причине вклад не поступил в монастырь. Дочь Даниила Григорьевича Анна была выдана замуж за князя Василия Ивановича Сицкого (умер в 1568), который мог получить деревню в качестве приданого, но детей у пары не было.

Упоминания о первых постройках на месте усадьбы относятся к XVII веку. В 1650-е годы село Братцево перешло во владение боярина Богдана Хитрово. При нём в 1660—1670-е был возведён храм Покрова Пресвятой Богородицы и поставлен боярский двор с хозяйственными сооружениями.

После смерти Хитрово и его наследников Братцево перешло боярину Кириллу Нарышкину. В 1780 году имение в качестве отступного для своей жены Екатерины Трубецкой приобрёл граф Александр Строганов.