С 1806 г. Пущино становится «подмосковной» генерал-майора П. А. Офросимова и жены его, знаменитой московской барыни Настасьи Дмитриевны, которые считаются прототипами грибоедовских Фамусова и Ахросимовой. Вдова их сына в 1840 г. стала женой давно влюблённого в неё композитора А. А. Алябьева, и тот некоторое время творил в этих краях. Вскоре братья покойного мужа отсудили у неё имение. После отмены крепостного права Пущиным, как и многими другими «дворянскими гнёздами», владели представители податных сословий — купец второй гильдии Е. Е. Вебер, чаеторговец С. В. Перлов и суконный фабрикант Н. Т. Каштанов (помимо прочих). Последний принялся достраивать усадьбу в соответствии с распространившейся модой на неоклассицизм: пристроил с одной стороны 6-колонный портик, велел провести по фасаду фриз и украсить его лепниной. Вместо липовой аллеи были высажены тополя. Из-за начала Первой мировой войны работы не были завершены.

Облик имения в 1928 году запечатлён на киноплёнку создателями фильма «Хромой барин». До 1971 года усадьбу Пущино занимала сельская больница. Вотчинная церковь с усыпальницей Арцыбашевых была снесена. Режиссёр Никита Михалков снимал здесь во второй половине 1970-х годов фильмы «Неоконченная пьеса для механического пианино» и «Несколько дней из жизни И.И. Обломова». В 1980-е гг. имение окончательно пришло в запустение и в начале XXI века находится на грани исчезновения. Министерство культуры Московской области возлагает ответственность за сложившееся положение на руководство Российской академии наук, в ведении которой находится земельный участок.