Во время опричнины сельцо превратилось в пустошь, которую в 1583 году передали Федору Федоровичу Нагому. Затем сельцом владели Иван Васильевич Голицын, Долматовым-Карповым и после смерти Бориса Ивановича Долматова-Карпова в 1880 году вновь отошло монастырю. В 1704 году в Шульгино было 28 дворов и проживало 116 человек. С 1764 года отошло в Удельное ведомство, в конце XVIII века значилось 12 дворов, 48 душ мужского и 51 - женского пола.