Овчинниковские переулки названы так по находившейся в этой местности дворцовой Овчинной слободе, обитатели которой поставляли для дворцовых нужд шерсть и овчины.
Около 1700 года храм кардинально перестраивался. Во-первых, он получил каменную колокольню, соединенную с храмом, для чего трапезную удлинили к западу. В это же время изменения коснулись и внешнего вида четверика: для удобства чистки крыши от снега его перекрыли на четыре ската, надстроив стены. От трехглавия осталась лишь центральная глава. В 1765-1770 годах при ремонте трапезной был выгорожен придел священомученика Харлампия. К 1820-1830 годам относятся некоторые изменения на южном фасаде храма: растеска окон с уничтожением многих деталей резного декора XVII века. Это было сделано потому, что фасад Михайловского придела и трапезной выходили на красную линию Среднего Овчинниковского переулка. Фасад получил модное ампирное оформление.
В храме до начала 1930-х годов сохранялся пятиярусный иконостас XVII века с поздними переделками. Самые известные и ценные из них были: «Собор всех Святых» 1642 года работы царских изографов и «Богоматерь Владимирская» с Голгофским крестом на обороте – работы знаменитого московского иконописца Симона Ушакова 1652 года. Сейчас они хранятся в Государственной Третьяковской галерее, а для храма в 1990-х годах были сделаны с них копии. Также в храме имелась икона «Собор Михаила Архангела» с двадцатью шестью клеймами, ныне хранящаяся в Русском музее Петербурга.
Храм закрыли в начале 1930 годов, с него сняли кресты, золотые покрытия глав, уничтожили предел священномученика Харлампия. На углу Овчинниковской набережной и Садовнического проезда в 1955-1961 годах было выстроено одно из зданий предполагавшегося комплекса, переданное Государственному комитету по внешним экономическим связям при Совете Министров СССР. Это огромное здание своими крыльями обхватило большую территорию, перекрыло Средний Овчинниковский переулок. Церковь оказалась во дворе здания как в каменном мешке и была передана госкомитету под архив. С 1954 года начались работы по реставрации Михайловского храма. Богослужения возобновились в 1997 году. В 2000 году храму Михаила архангела были переданы палаты XVII века, стоявшие напротив него. В них разместился приходский дом с детской воскресной школой. Район: Центральный, Замоскворечье. Близлежащие метро: Новокузнецкая.
© По материалам книги Аверьянова К.А. «История московских районов»