Протопоповский переулок несколько раз менял свое название. Изначально переулок назывался Аптекарский, так как проходил мимо аптекарского огорода, который был заложен в 1706 году по указу Петра I для выращивания лекарственных растений. В 1805 году огород передали Московскому университету, и с тех пор здесь Ботанический сад МГУ. Название Протопоповский возникло в первой половине XIX века по фамилии одного из домовладельцев.
В переулке сохранились строения одного из самых крупных благотворительных московских учреждений – Набилковской богадельни (№25). Название оно получило по фамилии основателей братьев Набилковых – Василия и Федора, крестьян Ярославской губернии, крепостных графов Шереметьевых. Оба брата, Василий в Петербурге, а Федор в Москве, преуспели в торговле красным товаром (тканями, мануфактурой) и выкупились из крепостных. Братья получили известность в Москве своими благотворительными делами. В 1820-х годах они пожертвовали Московскому попечительному о бедных комитету, вместе с капиталом в 40 тысяч рублей, обширный участок с рощей, обширным садом и прудами, для постройки богадельни. В народе ходили слухи, что у Федора Набилкова во время пожара в цирке погибли все его дети и что сломленный горем отец расстался со своим состоянием в пользу бедных.
В 1828 году состоялась закладка, а в 1831 году открытие первого (западного) корпуса богадельни. Строительство зданий Набилковской богадельни продолжалось в течении почти всего XX века. В 1831-1835 годах выстроили домовую церковь св. Троицы, к концу 1830-х годов возвели правый восточный корпус на пожертвования купца З.П. Чернышева, а в 1847 году заложили два здания для мужского отделения и больницы, а также Всехсвятскую церковь. Почти все постройки и их содержание были обеспечены Федором Набилковым, который до своей кончины в 1848 году, на 74-м году жизни пожертвовал для богадельни и училища более 300 тысяч рублей.
В последствии благотворительность не замерла, на земле богадельни в 1871 году основали Мариинский приют и в том же году во дворе построили здания для Маросейско-Усачевской богадельни. Вместе с ней сюда же перевели и «семейный приют для бесплатного содержания гувернанток до приискания ими работ», а в 1880 году основали также бесплатную глазную лечебницу на пожертвования П. и А. Волудских. Для этой лечебницы на углу Протопоповского и Астраханского переулков выстроили специальное здание по проекту архитектора П.А. Ушакова.
Год открытия Набилковской богадельни для Москвы был очень тяжелым: свирепствовала холера, смертность была высокой и оставалось много детей-сирот. В Набилковской богадельни присматривали, кормили, лечили и обучали их. Кроме общеобразовательных предметов детям преподавались типографское искусство, различные ремесла, бухгалтерский учет. При богадельне открыли училище, которое разместили в здании, построенном в 1816 году в стиле классицизма. В 1827 году дом приобрел Федор Набилков и пожертвовал его для училища Императорскому человеколюбивому обществу. В наши дни можно увидеть только левый, северный флигель, а правый, южный был сломан еще в 1920-е годы.
За основным зданием Набилковской богадельни расположились дома Братолюбивого общества снабжения в Москве неимущих квартирами (Протопоповский переулок, №19), председательницей которого долгие годы была графиня Прасковья Сергеевна Уварова. Самое, вероятно, интересное из всех зданий Братолюбивого общества то, в котором находится народный суд (№19, стр. 6). Оно было сооружено в русском стиле архитектором И.П. Машковым в 1901 году для богадельни, в которой была домовая церковь, освященная в имя свв. Князя Владимира и Марии Египетской. Церковь не сохранилась до наших дней. Район: Центральный, Мещанский, Центральный, Красносельский. Близлежащие метро: Проспект Мира. Прежние названия улицы: Аптекарьский переулок, Безбожный переулок.
© По материалам книги Аверьянова К.А. «История московских районов»