Район Нагатинский Затон расположен на Юге Москвы, на правом берегу реки Москвы, с трех сторон, как полуостров, окружен Москвой-рекой. Граница района проходит по северным границам территории музея-заповедника «Коломенское», далее по проспекту Андропова, старому руслу реки Москвы, шлюза 10-11 реки Москвы до музея-заповедника «Коломенское».
Проводившиеся археологические раскопки показали, что уже две с половиной тысячи лет назад здесь появилось первое на территории Москвы поселение первобытных людей, известное теперь всем археологам мира. Были открыты древнейшие неолитические поселения людей 1 тысячелетия до н.э. - IV века н.э., давшее название всей культуре этого периода - «Дьяковская культура» (археологическая культура раннего железного века). Основа хозяйства племен Дьяковской культуры - земледелие, оседлое скотоводство, рыболовство, охота.
Село Коломенское расположено на редкой по красоте местности, интересной также и в геологическом отношении. В оврагах Коломенского до сих пор можно наблюдать остатки материкового оледенения - огромные валуны из песчаника «Гусь» и «Девичий камень», имевшие обрядовое значение для языческих племен. О времени возникновения двух старинных подмосковных сел Коломенского и Нагатинского документов нет. Первые письменные упоминания о них встречаются в духовных грамотах 1336 и 1339 гг. князя Ивана Калиты, собирателя земель русских вокруг Москвы.
Название села Коломенское, по одной из версий, произошло от поселившихся здесь в XIII веке жителей Коломны, бежавших от нашествия Батыя, по другой - от множества холмов, курганов, покрывавших эту местность и называвшихся в древности «коломиши». Расположенное на скрещении важнейших водных и сухопутных дорог к столице Каширской и Серпуховской, огражденное с севера болотами Нагатина, с востока Москвой-рекой, Коломенское со временем становится важным опорным пунктом в борьбе против внешних врагов, а также неоднократно используется захватчиками для размещения войск при подготовке к осаде Москвы. Путь от Москвы до Коломенского впервые в России был разделен верстовыми столбами (отсюда поговорка: «с коломенскую версту»). Коломенское часто упоминается в летописях в связи с борьбой русского народа против Золотой орды и Крымских ханов. В 1380 г. здесь останавливался Дмитрий Донской после победы над татарами на Куликовом поле. Коломенское быстро растет, развивается и становится крупной подмосковной великокняжеской вотчиной. Коломенское было любимой дачей царей Ивана Грозного и Алексея Михайловича, выстроившего здесь в 1667-1670 гг. деревянный дворец.