Название района Капотня восходит к одноименному селу, одному из древнейших сел на территории современной Москвы. Первое его упоминание содержится в духовой грамоте 1331 г. московского князя Ивана Даниловича Калиты, согласно которой село «Копотеньское» передавалось его старшему сын Семену.
Одной из наиболее значительных страниц жизни села стало восстание крестьян Капотни в 1756 году. При назначенном в середине XVIII веке игумене Илларионе они были буквально обложены различными поборами и налогами. Терпение крестьян лопнуло после того, как игумен потребовал денег в уплату новых поборов.
13 января 1756 года крестьяне села Капотни и других деревень собрались толпой свыше ста человек и пришли в монастырь, силой освободив закованных игуменом крестьян. 29 января капотненские крестьяне снова пришли к монастырю и потребовали, чтобы к ним вышел игумен Илларион. Но тот, испугавшись за свою жизнь, не решился сам выйти, а выслал к ним своего наместника иеромонаха Иосифа, которому с огромным трудом удалось уговорить крестьян покинуть монастырь. После этого игумен под покровом темноты покинул обитель, чтобы вызвать солдат для подавления восстания. Через день, 31 января, к монастырю была прислана воинская команда, чтобы арестовать зачинщиков. Но крестьяне, собравшись толпой до 300 человек, вооруженные дубинами «и прочими крестьянскими орудиями», атаковали солдат, которые заперлись в обители под защитой монастырских стен. Иеродьякона Игнатия, помогавшего собрать налоги с крестьян и не сумевшего бежать в монастырь, нещадно избили. Монастырь был полностью блокирован восставшими, чтобы никто из осажденных не мог прорваться в Москву и известить о происходящем. Крестьяне собирались взять монастырь штурмом, и солдаты вынуждены были палить в нападавших из ружей холостыми выстрелами. Атаки продолжались весь день и прекратились только с наступлением темноты.
Через несколько дней крестьяне обратились с прошением на имя императрицы, в котором они жаловались на игумена Иллариона. Его подписал староста села Капотни Иван Савинов от имени 1250 человек. Крестьяне требовали удалить игумена Иллариона из монастыря в другое место, а также заменить поборы с крестьян единым оброком. Лишь после долгого разбирательства Иллариона перевели в другой монастырь, а все поборы с крестьян заменили единым оброком размером в 1 рубль с души мужского пола.
В 1764 года владения монастыря были секуляризированы, и местные крестьяне перешли в ведение Коллегии экономии. В 1789 году вместо прежней церкви в Капотне был устроен новый деревянный храм «на каменное дело», перенесенный сюда из Екатерининской пустыни Подольского уезда, простоявший здесь вплоть до 1930-х годов. В 1866-1870 годах по соседству с деревянным храмом было построено новое здание церкви Рождества Богородицы.
К концу XIX века население Капотни уже составляло 633 человека. В это время здесь возникают первые промышленные предприятия – кирпичный завод Герасима Петровича Блудова, а при соседней деревне Чагина – два торфяных – Егора Егоровича Шлихтермана и Анны Никифоровны Помеловой.
С 1954 года Капотня становится рабочим поселком нефтеперерабатывающего завода, который в 1960 году вошел в черту Москвы.
В современной Москве - Капотня считается одним из экологически неблагополучных и менее привлекательным для жизни районом столицы, в первую очередь из-за транспортной доступности. Здесь находится общежитие, куда раньше выселяли злостных должников по коммунальным платежам.
© По материалам книги Аверьянова К.А. «История московских районов»