Первое известное название Пречистенского переулка - Мёртвый переулок, которое улочка носила в XVIII-XIX столетиях. Существует несколько версий происхождения этого топонима.
Современное название - Пречистенский переулок - было присвоено в XIX веке по созвучию с рядом расположенной улицей Пречистенкой. В период с 1937 по 1994 годы переулок носил имя Н.А. Островского, после чего историческое имя вновь вернули.
История Пречистенского переулка связана с именами многих известных людей. Здесь жили или работали скульптор Вера Игнатьевна Мухина, архитектор Георгий Константинович Олтаржевский, врач Владимир Александрович Обух, которого посещал В.И. Ленин, военачальник Михаил Иванович Алафузо, писатель Владимир Петрович Ставский, академики Петр Петрович Лазарев и Михаил Васильевич Шулейкин.
Архитектурный облик сложился благодаря творениям архитекторов, среди которых Густав Августович Гельрих, Иван Владиславович Жолтовский, Никита Герасимович Лазарев, Вильям Францевич Валькот, Николай Иванович Якунин и другие.