Этот район Южного округа получил свое название от располагавшегося там села Братеево. Первые сведения о селе в сохранившихся источниках относятся к началу XVII века, хотя оно, несомненно, существовало и раньше. Существует несколько версий откуда возникло название села, но все они так или иначе связаны со словом «брат».
Какая из версий является более вероятной, не известно. Как бы там ни было, впервые в сохранившихся источниках Братеево упоминается лишь в 1628 году, когда оно являлось приселком дворцового села Коломенское. В это время в нем уже стояла деревянная церковь Усекновения Иоанна Предтечи. Согласно писцовой книге 1633 года в приходе храма значилось 25 дворов.
К 1703 году в приходе уже состояло 38 дворов. Позднее деревянная церковь настолько обветшала, что служить в ней уже было невозможно, и в 1731 году на ее место был перевезен другой деревянный храм, перенесенный сюда из села Рождествена Московского уезда.
В середине XVIII века дворцовые крестьяне Коломенской волости были переведены на оброк. Близость Москвы с ее обширным рынком, и издавна существовавшие традиции разведения садов в близлежащих Коломенском, Дьякове, Борисове, способствовали распространению среди братеевских крестьян садоводства и огородничества, приносивших значительные доходы.
По преданию, в войну 1812 года в селе размещались части французской армии. Затем их вытеснили казаки, оставившие о себе память в виде выкопанного колодца, его название «Казаков колодец» сохранилось до момента сноса села.
После реформы 1861 года Братеево вошло в состав Царицынской волости. Сельская церковь, по описанию 1887 года была деревянной, с такой же колокольней, на каменном фундаменте. В ней имелось 2 престола: главный в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи и боковой – св. мученика Власия. Первоначально церковь была холодной, но стараниями священника Н.А. Речменского, служившего в ней в 1870-1888 годах, храм был переделан в теплый. Но так как храм находился на самом берегу Москвы-реки, ему грозила опасность разрушения из-за подмыва берега рекой. Поэтому было решено построить новый храм на другой месте. 27 мая 1890 года была совершена закладка нового храма, но уже при священнике В.А. Кирькове, пришедшему после смерти отца Николая, также весьма энергичному и распорядительному человеку. Благодаря пожертвованиям со стороны 3 ноября 1892 года состоялось освящение нового храма. От старого храма, по свидетельствованиям современников, в это время осталась уже только трапезная, в которой шла служба в период строительства. В 1900 году напротив церкви открыли начальную церковно-приходскую школу.
По данным 1926 года, население села составляло 837 человек. В 1930 годы в Братееве был организован колхоз «Путь Ильича». Церковь была закрыта и отдана под клуб.
Во время Великой Отечественной, когда немецкие отряды подошли к Москве, на склонах Братеевского холма были сооружены артпулеметные точки, а рядом расположилась зенитная батарея, участвовавшая в отражении налетов немецкой авиации. Ожесточенные бомбежки привели к тому, что местный храм был полностью разрушен.
В 1950 году все окрестные колхозы объединились в единый колхоз им. Ленина, причем первоначально планировалось, что его центральной усадьбой станет Братеево. Однако в итоге правление разместилось в соседнем Борисове.
В 1960 году Братеево вошло в черту Москвы, но вплоть до 1980-х годов, когда здесь началась массовая застройка, продолжало существовать как сельское поселение.